Einige heimische Vogelarten stehen im Interessenskonflikt und führen oftmals zu emotionalen Diskussionen. Am stärksten im Fokus stehende Arten sind derzeit Kormoran und Saatkrähe, aber auch weitere Arten wie Graureiher und zunehmend Silberreiher und Gänsesäger:

Kormoran

Seit der (Wieder-)Besiedlung Baden-Württembergs durch den Kormoran im Jahr 1994 werden die Brutplätze und die Bestände alljährlich kontrolliert und erfasst. Eine erste Veröffentlichung stammt aus dem Jahr 2000 (Boschert, M., U. Mahler & S. Schuster 2000: Brutverbreitung und Brutbestand des Kormorans Phalacrocorax carbo in Baden-Württemberg. - Ornithol. Jh. Bad.-Württ. 16: 1-16).

Seit dem Jahr 2011 organisiert und betreut Dr. Martin Boschert im Auftrag der OGBW (Ornithologische Gesellschaft Baden-Württemberg) das Brutbestandsmonitoring, die ihrerseits von LUBW (Landesanstalt für Umwelt, Messungen und Naturschutz Baden-Württemberg) mit der Erstellung und Umsetzung eines Konzeptes zur Beobachtung der Bestandsentwicklung beauftragt wurde. Die Berichte für die Jahre 2011 bis 2018 sind unter https://www.lubw.baden-wuerttemberg.de/natur-und-landschaft/brutvogelmonitoring zu finden.